哥布林的巢穴动漫本剧讲述了坐落在歌舞伎町小巷里的圣真心医院，因为当地的关系，来急诊的患者大多是贫困的流浪者、外国人、牛郎、色情业小姐等，与一般医院不同，有着特殊背景的患者。就在这时，美国国籍的原军医——神秘女性，阳子·西·Freeman（小池荣子 饰）突然降临。然后，在年老的叔父的医院工作的美容皮肤科医生高峰享（仲野太贺 饰）遇到了她，齿轮开始转动。