军官与男孩电影海昌是我国新兴沿海城市，也是境外间谍组织关注的重点，随着国安局一名侦察员的意外失踪，拉开了一场反谍大战，李厅长（巫刚 饰）责成武梅（刘佳 饰）组成专案组进行调查。一艘渔船在我“探索一号”科考船附近意外打捞起一只奇形怪状的“水母”，深海研究院的总工程师岳诚（李进荣 饰）率众专家对其展开了攻关。境外间谍头目彼得森命令海昌潜伏特务王维韬（王志文 饰）不惜一切代价夺回隐藏在“水母”中的核心机密。经过一番斗智斗勇，狡诈的王维韬最终落入法网，但武梅却发现了隐藏在表面案伴背后更大的阴谋，敌人已将多枚水母投放到我国海域，以窃取我海洋信息，武梅认识到，更大的对手即将出现......