魔法少女奈叶剧场版故事的舞台是公元2200年，随着科学技术的发展，人类向宇宙移居的不远的未来。直辉和茧美夫妇住在漂浮在宇宙中的高级住宅里，过着享受料理、饮食和优雅音乐的平稳生活。但其实直辉是为了找回茧美最爱自己时的幸福生活，才让妻子变成了智能机器人。本剧展现了直辉因为过于追求理想而多次“改变”妻子的扭曲之爱，以及逐渐发现自己所处状况的茧美的姿态。